柯南剧场版 11 名为《绀碧之棺》，故事围绕着传说中的海盗宝藏“绀碧之棺”展开。柯南和小伙伴们受故友之托，登上了开往冲绳的豪华客轮。在寻宝过程中，他们遭遇了一系列神秘事件和惊险搏斗。柯南揭开了隐藏在宝藏背后的秘密，成功守护了宝藏和客轮的安全。

在美丽的冲绳海域，流传着两个古老的传说，一个是沉入海底的古代遗迹“神海岛”，传说那里收藏着价值连城的宝藏；另一个传说是 300 年前活跃在这片海域的女海盗“安妮·邦尼”和她的爱人“玛丽·里德”的故事，他们被埋葬在“神海岛”，身边伴随着无数的宝藏。

柯南、小兰和园子为了享受热带海岛的悠闲假期，来到了位于冲绳的著名景点“水族馆”，在那里，他们遇到了一位名叫玉井照子的少女，照子告诉他们，她的曾祖父——探险家铃木次郎吉正在策划一个名为“绀碧之棺”的寻宝活动，目标是寻找传说中的宝藏，铃木次郎吉向全世界发出了挑战书，邀请了各界精英前来参加这个活动，其中包括了柯南的宿敌——怪盗基德。

柯南等人决定跟随铃木次郎吉一起前往神海岛，揭开这个传说的真相，他们在船上遇到了一系列的意外和危险，先是船上的船员和乘客接连失踪，接着是一艘神秘的潜水艇出现在他们的面前，向他们发起了攻击，柯南等人发现，这个寻宝活动的背后隐藏着一个巨大的阴谋，他们不仅要面对来自敌人的威胁，还要解开一个又一个的谜题和谜团。

在寻找宝藏的过程中，柯南和小兰和园子等人逐渐发现了一些惊人的事实，原来，这个传说中的宝藏并不是什么金银珠宝，而是一个关乎日本历史和国家命运的秘密，而这个秘密，竟然与一个神秘的组织有关，这个组织一直在寻找一种能够改变世界的力量，他们认为这个宝藏就是他们梦寐以求的东西，柯南等人必须尽快找到宝藏，阻止这个组织的阴谋，否则日本将会陷入一场前所未有的危机之中。

柯南和小兰和园子等人在神海岛的深处找到了宝藏的所在地，他们发现，这个宝藏并不是什么金银珠宝，而是一个巨大的石棺，里面躺着的是安妮·邦尼和玛丽·里德的遗体，柯南等人还发现了一个惊人的事实，原来铃木次郎吉的曾祖父和安妮·邦尼、玛丽·里德有着一段不为人知的故事，铃木次郎吉的曾祖父曾经是安妮·邦尼和玛丽·里德的恋人，他们一起在这片海域上寻找宝藏，但是最终他们因为一场误会而分道扬镳，铃木次郎吉的曾祖父一直对这段感情念念不忘，所以才策划了这个寻宝活动，希望能够找到安妮·邦尼和玛丽·里德的遗体，并且向他们道歉。

在解开了所有的谜题和谜团之后，柯南和小兰和园子等人成功地阻止了这个组织的阴谋，保护了日本的安全，他们也找到了自己的幸福，柯南向小兰表白了自己的心意，小兰也欣然接受了他的爱，柯南和小兰和园子等人一起离开了神海岛，回到了日本，他们的这次冒险之旅，不仅让他们成长了许多，也让他们更加珍惜彼此之间的感情。